I 1846 planla Kierkegaard å trekke seg tilbake som landsbyprest, men dette ble avbrutt da satirebladet Corsaren gjorde ham til latter. Han følte seg som en forfulgt enstøing og kjente et kall til å bli i byen for å forkynne hva sann kristendom er. Inspirert av Kristus, som levde i konflikt med verden, fremhevet Kierkegaard at sann kristendom innebærer lidelse og opposisjon mot verden. Han kritiserte kirken for å ha gjort kristendommen for lett, og mente at biskop J.P. Mynster burde innrømme at den offisielle kristendommen var langt fra idealet i Det nye testamente. Da Mynster avviste dette og anklaget Kierkegaard for blasfemi, ble konflikten intens.
Da biskop Mynster døde i 1854, reagerte Kierkegaard kraftig på at professor H.L. Martensen kalte ham et «sannhetsvitne.» Kierkegaard brøt sin nesten fire år lange taushet med en artikkel i Fædrelandet, som ble starten på hans «kirkekamp.» Han angrep kirken og presteskapet i et lettfattelig språk, fylt med sarkasme og skarp satire, spesielt gjennom sitt flyveblad Øieblikket. Til tross for sterk motstand, var Kierkegaard urokkelig i sin tro på at han hadde rett. Midt i denne kampen kollapset han på gaten, og på dødsleiet nektet han å trekke tilbake sine uttalelser. Hans bror, biskop Peter Christian Kierkegaard, og flere andre mente at Søren hadde blitt syk og «avsporet» i sine tanker, mens andre så det som en naturlig avslutning på hans forfatterskap.
Søren Kierkegaard ble begravet fra København domkirke, men uten stor deltagelse fra kirkens, universitetets eller litteraturens representanter. Hans nevø, Henrik Lund, holdt en kritisk tale etter begravelsen, der han hevdet at kirken, som Søren hadde kritisert, nå urettmessig «tok ham til seg.» Dette førte til en bot for Lund, etter krav fra stiftsprost E.C. Tryde.