Søren Kierkegaard ble født i København som den yngste av syv søsken. Moren, Ane Sørensdatter Lund, hadde vært tjenestepike, mens faren, Michael Pedersen Kierkegaard, en tidligere ullkremmer, ble en velstående kjøpmann og eiendomsspekulant. Faren var en sterk innflytelse på Søren, preget av sin religiøse tvil, skarpe vidd og livlige fantasi. Denne rikdommen gjorde det mulig for Søren å vie seg til sitt forfatterskap.
Kierkegaard startet sin utdannelse ved Borgerdydskolen i 1830 og begynte senere å studere teologi, inspirert av sin eldre bror. Han dvelte tidlig ved litterære og filosofiske emner, og i 1838 debuterte han med verket Af en endnu Levendes Papirer, en kritisk anmeldelse av H.C. Andersens roman Kun en Spillemand.
Som 22-åring opplevde Kierkegaard en personlig krise etter at faren avslørte to alvorlige synder fra sin fortid: en forbannelse mot Gud som barn og et forhold til en tjenestejente, som senere ble mor til hans barn. Søren ble dypt rystet og distanserte seg fra faren en periode, før de til slutt forsonet seg. Denne opplevelsen førte til en dyp melankoli hos Søren, som han bar med seg resten av livet.
I 1841 forsvarte Kierkegaard sin magistergrad med avhandlingen Om Begrebet Ironi med stadigt Hensyn til Socrates, hvor han innførte den indirekte meddelelse, en stil preget av både begrepsanalyse og billedspråk. Dette ble en signatur for hans senere forfatterskap. Etter disputasen reiste han til Jylland, der farens barndomstrakter lå, og forlovet seg kort tid senere med Regine Olsen. Men snart begynte han å tvile på forholdet, usikker på om han kunne gjøre henne lykkelig eller om hun kunne forstå hans dype hemmeligheter. Til slutt besluttet han å bryte forlovelsen, som ble formelt avsluttet et år senere. Dette bruddet ble en sentral drivkraft i hans senere forfatterskap.
Regine Olsen giftet seg senere med Johan Frederik Schlegel, som ble guvernør i Dansk Vestindia.